O istocie wolnego oprogramowania niewątpliwie stanowi innowacyjne wykorzystanie licencji prawa autorskiego. Jednak ich lektura nie zawsze daje całkowity obraz praw i obowiązków użytkownika, gdyż oprogramowanie może być przedmiotem wielu praw na dobrach niematerialnych. I tak, o ile wysiłki producentów programów własnościowych kierują się ostatnio w stronę zapewnienia sobie silniejszej ochrony patentowej, to w świecie wolnego oprogramowania na znaczeniu zyskują znaki towarowe oraz bardziej subtelne instytucje tworzone z wykorzystaniem swobody umów.
W największym skrócie, uprawniony do znaku towarowego może zakazać innym umieszczania go na ich produktach. Dzięki temu, konsumenci dokonujący wyboru danego produktu z uwagi na renomę znaku (marki) nie zostaną oszukani przez producentów innych dóbr, którzy w braku prawa ochronnego oznaczaliby swoje towary identycznymi znakami. Wydawałoby się, że ochrona taka jest wolnemu oprogramowaniu niepotrzebna, skoro dzięki publicznej dostępności kodów źródłowych każdy konsument może dokładnie sprawdzić z czego składa się nabywany przez niego produkt. Teoretycznie zatem o pomyłce nie może być mowy. Problem pojawia się jednak wraz ze wzrostem popularności tego oprogramowania wśród użytkowników niebędących hakerami. Osoby te nie są w stanie same dokonać oceny jakości kodu, zatem swego wyboru dokonują właśnie ze względu na renomę, jaką cieszy się określona marka (nazwa) danego wolnego programu.
Prawo znaków towarowych daje jedną z kilku odpowiedzi na pytanie jak rozwiązać tego typu problemy bez jednoczesnego ograniczania czterech wolności. Ochrona znaku towarowego nie pozwala bowiem nikomu zakazać korzystania z wolnego oprogramowania na sposoby określone w odpowiednich licencjach, jednak pozwala wymagać, aby osoby tworzące i rozpowszechniające jego kolejne wersje nie oznaczały ich tak samo jak oryginał. Uprawniony do znaku, któremu zależy na utrzymaniu renomy może w ten sposób kontrolować jakość lub nawet inne cechy produktów pozostałych uczestników ruchu wolnego oprogramowania. Mimo to, w każdym momencie osoby te mogą zacząć rozpowszechniać to samo oprogramowanie pod innym znakiem, w pełni wykorzystując hakerską wolność. Warto podkreślić, że niezależnie od sposobu postępowania uprawnionego do znaku, prawa użytkowników nie są naruszane.
Nie sposób nie zauważyć, że umiejętne wykorzystanie znaków towarowych to kolejny krok ku rozpowszechnianiu wolnego oprogramowania wśród zwykłych użytkowników. Trudno się też powstrzymać od porównania z „copyleft”, gdyż obie te instytucje w ruchu wolnego oprogramowania wiążą wyłącznie te osoby, które tego chcą.
Producenci wolnego oprogramowania korzystają także z innych instytucji prawnych umożliwiających kontrolę jakości. Mianowicie, niektóre licencje wolnego oprogramowania wprost nakładają obowiązek utrzymywania zgodności jego kolejnych wersji z określonym standardem. Czasami jest to alternatywą dla „copyleft”, co oznacza, że deweloper może wybrać albo publikowanie kodów źródłowych swoich programów niezgodnych ze standardem, albo przestrzeganie standardu w zamian za możliwość wykorzystywania kodu w oprogramowaniu własnościowym. Co istotne, licencje zawierające postanowienia tego typu są zwykle niezgodne z GPL.
Postanowienia licencji zazwyczaj usiłują w maksymalnym stopniu ograniczyć odpowiedzialność licencjodawcy, a wolne oprogramowanie nie jest tu wyjątkiem. Faktem jest także istnienie odrębnego i dość dobrze rozwiniętego rynku usług wsparcia technicznego, na którym użytkownicy mogą zapłacić za gwarancję jakości. Przedsiębiorcy aktywni na tym rynku są gotowi dostarczyć nawet bardzo skomplikowane systemy i wziąć odpowiedzialność za ich funkcjonowanie, jednak nie godzą się jednocześnie na ich swobodne konfigurowanie czy inną ingerencję ze strony użytkownika. W odróżnieniu zatem od powyższych przykładów wpływania na innych producentów, to ostatnie rozwiązanie prowadzi do ograniczenia wolności użytkownika. Co istotne, także i to ograniczenie jest dobrowolne, a w zamian użytkownik otrzymuje wartościowe wsparcie techniczne. Ponadto trzeba podkreślić, że swoboda działania pozostałych producentów i użytkowników nie jest ograniczona.
Oczywiście można doszukać się w wyżej opisanych zjawiskach negatywnego wpływu na, w założeniu niezbywalne, cztery wolności Stallmana. Jest tak zwłaszcza w przypadku, gdy określone instytucje prawne zostaną wykorzystane łącznie z technicznymi ograniczeniami interoperacyjności, przez co faktycznie dochodzi do przekształcenia wolnego oprogramowania we własnościowe. Jednak nawet wykorzystanie samych znaków towarowych, bez dodatkowych kruczków, jest krokiem wstecz ku bardziej tradycyjnemu podejściu do produkcji, w którym konsumenci wybierają określonego producenta (markę), przez co zgadzają się na jakąś formę uzależnienia. Pojawia się zatem wątpliwość, czy te instytucje prawne są zgodne z duchem ruchu wolnego oprogramowania, którego istotą jest niczym nieograniczona wolność wyboru.
Wydaje się, że niezależnie od oceny wyżej opisanych zjawisk, stanowią one naturalną konsekwencję udziału w ruchu wolnego oprogramowania przedsiębiorców, a także wzrostu liczby użytkowników. Oprócz pogłębienia podziału na producentów i konsumentów, należy się zatem spodziewać dalszego rozwoju instytucji prawnych tego typu, „towarzyszących” licencjom wolnego oprogramowania.